Le système urinaire des oiseaux est composé d’une paire de reins et d’uretères. La plupart des oiseaux ne possèdent ni vessie (à l’exception de l’autruche), ni urètre : les uretères s’abouchent directement au cloaque. L’urine est expulsée en même temps que les fécès.
Les reins sont constitués de 3 lobes successifs (crânial, moyen et caudal) reliés par des ponts parenchymateux. Aplatis ventro-dorsalement, ils sont allongés et ont une forme globalement rectangulaire ; les pôles crânial et caudal sont légèrement arrondis ; leur surface ventrale est lisse. Ils mesurent 7 à 10 cm de long chez la poule, pour une largeur moyenne de 2 cm, une épaisseur d’environ 1,5 cm.

Les reins sont placés de façon symétrique de chaque côté de la colonne vertébrale, et s’étendent de la dernière ou avant-dernière côte jusqu’à l’extrémité caudale du synsacrum. Ils sont solidement enchâssés dans des dépressions de la surface ventrale du synsacrum et des ilia appelées fosses rénales. Ces structures osseuses masquent la région dorsale et caudale des reins sur les clichés en position latérale.
Les uretères débutent au pôle crânial de chaque rein et cheminent en direction caudale le long de son bord ventro-médial puis contre la paroi dorsale de l’abdomen. Ils rejoignent le cloaque et se terminent dans le compartiment moyen, l’urodeum.Sur un cliché sans préparation, ils n’apparaissent que s’ils contiennent de l’acide urique ou des cristaux d’urate.
Ils sont entourés par les sacs aériens abdominaux et leurs diverticules. Ces derniers s’interposent entre les reins d’une part, le synsacrum et l’ilium d’autre part, latéralement et dorsalement. Ils séparent les reins des anses intestinales ventralement. Les reins sont par conséquent nettement identifiables sur la projection latérale, mais sont noyés dans la masse intestinale sur la projection ventro-dorsale.
En période d’activité sexuelle, on identifie les gonades (testicule ou ovaire) à leur pôle crânial.