Le diagnostic de l’épilepsie se faisant par exclusion, il est nécessaire d’effectuer certains examens complémentaires afin d’écarter certaines maladies.
Les examens hématologique, biochimique et les analyses urinaires sont les examens de base à effectuer dans tous les cas et qui serviront de point de départ au suivi médical de votre animal.

• Examen hématologique : certaines anomalies sanguines orientent quant à l’origine des convulsions (métabolique, toxique, inflammatoire ou infectieuse); elles peuvent orientent vers une intoxication au plomb, un shunt porto systémique, une maladie chronique ou fongique ou vers un phénomène inflammatoire ou infectieux.
  
• Examen biochimique : il oriente notamment sur le diagnostic d’un shunt porto systémique, d’une hypoglycémie, d’une atteinte hépatique, d’une insuffisance rénale. Il peut être intéressant d’effectuer la prise de sang au moment d’une crise pour détecter certaines hypoglycémies. Un dosage des électrolytes comme le calcium, le potassium, le sodium et le phosphore peut révéler des déséquilibres pouvant être à l’origine de convulsions (hypocalcémie par exemple).
• Les analyses urinaires : la découverte de cristaux d’urate d’ammonium oriente vers la présence d’un shunt porto systémique alors que la présence de cristaux d‘oxalate de calcium oriente vers un diagnostic d’intoxication à l’éthylène glycol. Cependant l’absence de tels cristaux ne permet pas d’infirmer ces hypothèses diagnostiques.

La nécessité d’examens complémentaires plus approfondis dépend des résultats des examens physique et neurologique, des résultats des premières analyses, de l’âge, de l’histoire du chien et de la description des crises convulsives.

L’épilepsie primaire se diagnostique par l’historique de votre chien, par un examen clinique normal entre les crises et par l’exclusion des autres causes de crises convulsives grâce aux examens complémentaires proposés. Ces examens complémentaires seront effectués en fonction des autres hypothèses diagnostiques mises en confrontation avec l’hypothèse d’épilepsie.

La ponction de liquide cérébrospinal (LCS) doit faire l’objet d’un comptage cellulaire et d’un examen cytologique, d’un dosage de protéines et d’une culture bactérienne et fongique. On peut également envisager un titrage pour la Maladie de Carré et la cryptococcose.

La radiographie du crâne n’a que peut d’intérêt dans le diagnostic de l’épilepsie ; elle permet seulement d’écarter une persistance des fontanelles ou la présence de fractures sur les os du crâne.

Le scanner (aussi appelé tomodensitométrie) ou l’imagerie par résonance magnétique (IRM) permettent d’écarter les hypothèses de lésions cérébrales (tumeurs, infarci, séquelles de traumatisme…)
Elles représentent les méthodes de choix dans l’investigation de l’épilepsie. Cependant pour des raisons pratiques et financières ces examens ne peuvent être faits de façon routinière en médecine vétérinaire. Dans le cas où ces examens sont disponibles l’IRM est plus pertinant que le scanner pour évaluer des lésions du tissu nerveux.

Le scanner est un examen radiologique qui permet en quelque sorte de faire une radiographie "en épaisseur" du cerveau, c'est-à-dire que l'on obtient des images de "tranches" de cerveau reconstruites par la machine.
L’IRM, quant à lui, est un examen d'imagerie du cerveau, comme le scanner, mais il ne délivre pas de rayons X.
L'IRM donne des images plus précises que le scanner, et dans différents plans de coupes. On voit bien les différentes structures cérébrales, on distingue la substance grise et la substance blanche, ainsi que les vaisseaux sanguins. L’IRM est l'examen de choix pour rechercher s'il existe une lésion cérébrale ancienne ou récente à l'origine des convulsions. On peut également suivre l'évolution d'une lésion en refaisant l'IRM régulièrement.

Une immobilité parfaite est requise lors de scanner, d’IRM et de ponction de LCS. Ces examens sont donc le plus souvent couplés au cours de la même anesthésie.

Bien que l’électroencéphalogramme (EEG) fasse partie intégrale du diagnostic de l’épilepsie primaire chez l’humain, il reste marginal en médecine vétérinaire. C’est un examen peu disponible et difficile à mettre en place chez les animaux. Ainsi son utilisation se limite à différencier des crises épileptiques de troubles paroxysmiques non épileptiformes (syncope, narcolepsie, myasthénie, atteinte vestibulaire, troubles du sommeil, stéréotypie, douleur) lorsqu'un doute subsiste.