Le cloaque est la partie terminale du tractus intestinal. Il est constitué de 3 compartiments séparés par des plis contractiles. Le coprodeum, dilaté en forme d’ampoule, reçoit et stocke provisoirement les fécès provenant du côlon. Les 2 uretères, les canaux déférents ou les oviductes s’ouvrent dans l’urodeum. Le proctodeum porte l’appareil copulateur mâle (chez les espèces qui en possèdent un).
Le cloaque est plus facilement identifiable sur les radiographies lorsqu’il contient de l’air ou du matériel radio-dense (cristaux d’urate, œufs…).