Les plupart des infections par le rotavirus ont été démontrées chez les chiots de moins de 12 semaines présentant une diarrhée modérée. Des cas plus sévères d'entérites fatales ont été décrits chez des chiots de 2 semaines . Les signes cliniques ne sont aussi sévères que ceux rencontrés lors de parvovirose ou de coronavirose. Une diarrhée mucoïde liquide, de couleur verdâtre, est fréquente, et dure pendant 8 à 10 jours. Les chiots demeurent la plupart du temps non fébriles. Le coronavirus canin peut jouer un rôle synergique avec d'autres virus ou bactéries dans les affections entériques.