Le diagnostic clinique est difficile chez le chiot nouveau-né (Cf. clinique et lésions). Le passé vaccinal de la chienne et l'apparition de cas d'hépatite sur des chiots plus âgés dans un chenil peuvent permettre d'orienter le diagnostic. La meilleure méthode pour confirmer le diagnostic dans ce cas est l'isolement du virus après culture sur cellules rénales de chien. Pour les animaux plus âgés, l'examen clinique, secondé par la réalisation d'examens complémentaire (biochimie, numération et formule sanguines, examen du liquide d'épanchement et des urines, évaluation de la coagulation) permet d'établir une suspicion clinique d'infection par le CAV-1. La confirmation ante-mortem peut faire intervenir des tests sérologiques, mais n'est pas indispensable pour mettre en place un traitement (symptomatique). Enfin, on peut noter que l'hépatite infectieuse canine est souvent accompagnée chez le chiot d'infections concomitantes, notamment par les streptocoques bêta-hémolytiques.