Il est difficile de différencier la coronavirose des autres causes d'entérite infectieuse. On pense que les infections à coronavirus sont moins sévères que celles à parvovirus. Les signes cliniques sont extrémement variables, et les chiens de tous âges peuvent être touchés. Au contraire, lors de parvovirose, les chiots sont plus susceptibles d'être infectés. Les chiens infectés présentent un épisode soudain de diarrhée, précédé ou non de vomissements. Les selles sont caractérisées par une couleur orange, sont très malodorantes, et contiennent parfois du sang. Un perte d'appétit et une léthargie sont également des signes fréquents. Contrairement au CPV-2, la fièvre est inconstante, et la leucopénie est absente. Dans les cas plus sévères, la diarrhée peut devenir liquide, et causer une déshydratation et des désordres électrolytiques. La plupart des chiens récupèrent en 8 à 10 jours. Néanmoins, la présence d'autres pathogènes (notamment des entérobactéries) peut sévèrement compliquer la maladie. On peut alors noter la présence d'une rhinite et d'une conjonctivite, d'une diarrhée profuse légèrement sanguinolente, et éventuellement d'une pneumonie. La mort survient après un courte période d'apathie et de gémissements.