Il fait appel à l'autopsie, mais le diagnostic de certitude repose sur l'isolement et l'identification du germe. Pour ce faire, il convient que le cadavre soit autopsié le plus rapidement possible après la mort, dans le but de réaliser des prélèvements frais afin de pouvoir les mettre en culture rapidement et de limiter les contaminations post-mortem. L'isolement de germes pathogènes en culture pure sur plusieurs organes différents confirme le diagnostic. Par contre, l'isolement sur un seul organe n'est pas suffisant pour conclure. Des examens bactériologiques réalisés à partir de prélèvements vaginaux sur les mères peuvent venir confirmer les résultats bactériologiques obtenus à partir des cadavres de chiots. Il est possible de mettre en place une antibiothérapie préventive ciblée sur les résultats de l'antibiogramme quelques jours avant la mise bas, pour éviter la contamination des chiots au moment de la naissance.