La signes cliniques et les résultats de l'autopsie étant non spécifiques, de diagnostic sera orienté par le contexte épidémiologique et l'isolement du germe. On peut suspecter une infection à Campylobacter jejuni en présence d'avortements ou de mortinatalité précédés ou associés à des symptômes intestinaux, ou encore accompagnés de cas de gastro-entérite chez les humains en contact avec les animaux malades. Le diagnostic expérimental repose sur la mise en évidence du germe que l'on peut rechercher dans le placenta, le contenu stomacal, le foie ou les écouvillons vaginaux.