Les symptômes se caractérisent par une atteinte digestive et génitale. Les symptômes digestifs sont les plus souvent observés 36 à 72 heures après l'infection. Les chiens présentent une certaine lassitude, de l'anorexie, du ténesme et une diarrhée mucoïde, liquide et parfois hémorragique. Des vomissements sont aussi possibles. Ces signes peuvent rester isolés ou précéder les symptômes génitaux.

C.jejuni a été isolée dans des cas de mise-bas prématurée, d'avortement au 45ème jour de gestation, de mortinatalité, de naissance de chiots faibles. Dans un élevage, on a pu observer un épisode de mortinatalités se poursuivant pendant plus de huit mois.