Lésions fréquentes, par exemple lors de l'évolution de maladies virales: Maladie de Carré, Rotavirose . L'inflammation est plus ou moins marquée, révélée par une congestion et une hypersecrétion de mucus. L'hypersécrétion de mucus peut être particulièrement abondante , la muqueuse est alors recouverte par un enduit muqueux, plus ou moins abondant, de consistance visqueuse, translucide ou de teinte jaune verdâtre (catarrhe intestinal).
Deux situations principales se rencontrent :
- Attachement de l'agent pathogène à l'épithélium, sans destruction des entérocytes : c'est le cas des diarrhées à E. coli entérotoxiques Les lésions épithéliales sont absentes ou minimes.
- Destruction de l'entérocyte ou de l'entéroblaste. C'est le cas de plusieurs espèces de virus qui vont infecter et lyser soit l'entérocyte (Rotavirus, Coronavirus, CPV-1), soit le précurseur des cellules épithéliales de l'intestin, l'entéroblaste (Parvovirus).

En raison du renouvellement rapide des entérocytes, il en résulte un affaissement des villosités (pseudo "abrasion" des villosités) suivi du remplacement progressif de l'épithélium , si l'animal survit, par des entérocytes peu différenciés, cubiques ou aplaties. Les glandes de Lieberkhun, sièges des cellules de remplacement apparaissent allongées, hypercellulaires (entérites régénératives). Lorsque l'entéroblaste est détruit par l'agent pathogène (Parvovirose) , si l'animal survit, après 4 ou 5 jours les glandes de Lieberkhun sont distendues par du mucus et des débris cellulaires. La régénération est irrégulière se faisant lentement sous la forme de cellules volumineuses, parfois multinuclées (entérites arégénératives)