Macroscopiquement :

Caractérisée par une induration et un épaississement de la veine ombilicale due à une infiltration périveineuse oedémateuse et hémorragique, une accumulation luminale de fibrine et de pus.

Microscopiquement :

Infiltration leucocytaire massive en partie interne de la veine, congestion et oedème adventitiels, thrombose et nécrose endo-veineuse. Ces phlébites sont souvent rapidement thrombosantes (thrombo-phlébites) et, lorsqu'elles sont septiques et suppurées, exposent à un risque de septico-pyohémie. Dans le cas particulier de l'omphalo-phlébite, la lésion est à l'origine d'abcès hépatiques "omphalo-phlébitiques" (cf. pages sur les lésions hépatiques).