La microscopie utilise des coupes minces de tissus afin d'étudier la morphologie cellulaire.

Les tissus sont plongés pour les fixer dans une solution de formaldéhyde, puis inclus dans un milieu dur en général de la paraffine on pratique ainsi des coupe de ces derniers à l'aide d'un microtome (les coupes ont une épaisseur comprise entre 5 et 8µm). Pour finir les tissus sont colorés.La coloration utilisée est l'HES ( Hémalun Eosine Safran):

• Hemalun : Coloration du noyau en bleu l'image est dite basophile
• Eosine : Coloration du cytoplasme en rose l'image est dite aciidophile
• Safran: Coloration des fibres de collagéne en orangé.

La résolution des structures en microscopie optique est de l'ordre de 0,2µm, mais en général elle n'excéde pas 0,6µm.

Autres techniques :

Nous ne ferons que citer ces dernières:

• Microscopie éléctronique à transmission 
• Microscopie éléctronique à balayage
• Histochimie
• Autoradiographie
• Immunocytochimie...